삼성바이오로직스는 2016년 기업공개(IPO) 당시부터도 특혜 논란에 휩싸여 있었다. 한국거래소 유가증권시장본부에서 사실상 삼성바이오 계열사를 위한 특례 조항을 만들었고, 실제로 삼성바이오로직스만이 유일하게 혜택을 받았다.

한국거래소 유가증권시장본부는 2015년 11월5일자로 유가증권시장 상장규정 및 시행세칙을 개정했다. 개정의 핵심은 '시가총액이 6000억원 이상이고, 자기자본이 2000억원 이상'이라면 이익 여부와 상관없이 상장을 허용하는 내용이었다. 거래소는 이를 '대형성장유망기업 요건'이라고 불렀다.

이전까지 코스피시장 상장을 위한 경영 성과 요건은 단 두 가지였다. 직년 사업연도 매출액이 1000억원 이상이고 이익이 30억원 이상이거나, 시가총액이 4000억원 이상이고 매출액이 2000억원 이상인 기업만이 코스피시장에 이름을 올릴 수 있었다.

삼성바이오로직스는 2015년 매출액이 912억원에 불과했고, 자회사 삼성바이오에피스 회계기준 변경으로 생긴 이익을 제외하면 지속적으로 적자를 내고 있었다. 사실상 코스피 상장이 불가능한 상태였다.

대형성장유망기업 규정 시행 이후 3년간 해당 규정의 혜택을 받은 곳은 삼성바이오로직스 뿐이다. 시가총액 요건으로 상장 예심을 받은 건 삼성바이오로직스 외에도 한국자산신탁과 덴티움이 있지만, 이들은 상장 시점에 모두 흑자를 기록하고 있었다.

특정 기업을 위한 혜택이라는 논란이 제기됐지만, 2015년 당시 거래소는 "시가총액 중심으로 성과요건을 다양화해 상장 기회를 늘리기 위한 것"이라며 "특정 기업을 염두에 둔 정책은 아니다"라고 해명한 바 있다.

거래소는 삼성바이오로직스 유치에 혈안이 돼있었다. 김경수 당시 한국거래소 이사장은 주간 단위로 상장 성과를 점검하며 상장사 수를 늘리라고 실무자들을 다그쳤다.

유가증권시장본부와 코스닥시장본부 사이의 경쟁도 치열했다. 코스닥시장본부는 증권사들이 모인 자리에서 '삼성바이오로직스가 코스닥에 상장해야 하는 이유'라는 프리젠테이션을 진행하기도 했다. 유가증권시장본부는 이에 맞서 상장규정을 수정했다.

삼성바이오로직스는 2015년 연말까지만 해도 해외 상장 가능성을 언급하며 시장을 살피고 있었다. 1월초 그룹에 상장 관련 보고를 할때 신설 규정을 활용한 코스피 상장 가능성을 처음 언급했다. 2016년 4월28일 삼성바이오로직스 이사회에서 코스피 상장 결의가 이뤄졌고, 5월19일 주관사단 선정, 8월12일 상장 예심청구, 9월29일 예심 통과까지 일정이 물 흐르듯 진행됐다.

거래소 관계자는 "당시 삼성바이오에피스 나스닥 상장설이 돌면서 우량 기업이 해외에 상장하도록 놓치지 말자는 분위기가 있었다"며 "어떤 규정이든지 시대 상황을 반영하기 마련이므로 당시 그런 판단이 이뤄진 것"이라고 말했다.

이와 관련해 임종룡 전 금융위원장은 국회 정무위원회에 출석해 "삼성바이오로직스가 미국 나스닥에 상장하려 해 우량 기업 상장을 유도하고자 거래소가 수차례 국내 상장을 권유한 것"이라고 발언하기도 했다.