벤처투자 업계 관계자는 "모회사가 직접 기업을 인수하는 방식보단 산하에 계열사로 두고 있는 투자사가 먼저 발굴, 투자한 뒤 회사 규모가 커지면 직접 인수하는 방식"이라며 "처음부터 직접 하기엔 사이즈가 작은 곳이 많기도 하고 성장성을 확신하기도 쉽지 않기 때문"이라고 설명했다.

네이버와 카카오는 산하 투자사인 D2스타트업팩토리(D2SF)와 케이큐브벤처스·카카오인베스트먼트를 통해 투자를 진행하고 있다. 직접 인수한 건은 네이버가 올해 초 약 2000억원을 들여 인수한 유럽 제록스리서치센터와 에피폴라 정도다.

최근엔 자회사를 통해 투자한 스타트업을 직접 인수하기는 사례도 조금씩 나오고 있다. 네이버는 지난해 D2SF를 통해 첫 투자한 VR(가상현실) 기업 폴라리언트에 후속투자를 진행했고, 지난 7월엔 작년에 첫 투자한 딥러닝 기반 챗봇과 AI기술을 연구하는 컴퍼니AI를 직접 인수했다.

네이버와 카카오의 공격적인 투자는 지속될 것으로 보인다. 올 들어 각각 자회사로 두고 있는 기술연구전문 자회사 네이버랩스와 카카오브레인에 힘을 싣고 있고, 창업자인 이해진 GIO(글로벌투자책임자)와 김범수 의장이 직접 나서 투자도 챙기고 있다. 투자자를 대상으로 한 실적발표 컨퍼런스콜에서도 네이버·카카오는 각각 '사용자 편의성 증대'와 '커넥트 에브리씽(Connect Everything)'을 내세우며 투자 확대 기조를 재확인하기도 했다.

업계 관계자는 "몇 년 전만 하더라도 우리가 직접 연구·개발하면 된다는 생각이 강했다"면서 "지금은 기술 변화 속도가 빠르기 때문에 직접 개발로는 한계가 있다는 점을 인정하고 투자를 통해 빠르게 기술을 확보하고자 하기 때문에 두 창업자 모두 기술 쇼핑에 여념이 없다"고 전했다.

양사 모두 투자 확대에 따른 영업비용 확대와 이로 인한 영업이익 부진을 겪고 있지만 시장의 평가는 다소 엇갈린다. 매출 등 절대적인 덩치 면에선 네이버가 여전히 카카오를 한참 앞서고 있지만 성장성 측면에서 보면 얘기가 달라진다는 설명이다. 카카오에 대한 기대감은 여전하지만 네이버는 한풀 꺾였다는 풀이다.

이를 반영하듯 두 기업의 주가 역시 정반대 움직임을 보이고 있다. 카카오는 지난해 하락세에서 벗어나 꾸준히 상승세를 보이며 12만원대를 횡보하고 있다. 네이버는 6월 97만원대까지 올랐지만 지난달 80만원 선이 무너지는 등 이후 하락세만 계속되고 있다. 최근 국내 증권사들도 네이버의 목표주가는 하향 조정하고, 카카오는 상향 조정하고 있다.

다른 업계 관계자는 "2015년 이후 부진에서 벗어나지 못하고 있는 네이버 자회사 라인(LINE)처럼 카카오모빌리티나 카카오페이 등 카카오 자회사들도 아직 이렇다 할 성장세를 보여주고 있지 않지만 카카오는 긍정적인 평가를 받고 있다"며 "카카오는 여전히 '꿈'을 먹고 살고 있다면 네이버는 실제 숫자로 보여줘야 하는 기업이 된 것"이라고 말했다.